Pierwsza, pisemna wzmianka o Smętowie pochodzi z 1326 roku, za życia Peregryna ze Smętowa (Peregrynus de Smantow). Według przekazów ustnych nazwa Smętowo pochodzi od słów smętno lub smętek, to znaczy zły duch. Od 1326 roku używana była nazwa Smantow, od 1453 roku – Smathow, nazwa niemiecka brzmiała Smentau. Nazwy Smętowo zaczęto używać po II Wojnie Światowej, a od 1953 roku stosowana jest nazwa Smętowo Graniczne. W pierwszej połowie XV wieku ziemie okolic Smętowa należały do Piotrasza syna Dytrycha z Milwy (Milerwski). W drugiej połowie XVI wieku Smętowo stanowiło własność szlachecką, która była użytkowana przez ród Bochlińskich pochodzących z Prusa, Kopyckich, herbu Oszczep z Pomorza i Brandtów herbu Pochodnia. Od 1648 roku miejscowość przeszła w posiadanie Krzysztofa Czapskiego. W 1885 roku folwark w Smętowie należał do królewskiej domeny w Ostrowitem, w powiecie kwidzyńskim. Z początkiem XX wieku nastąpił rozwój miejscowości związany głównie z budową kolei żelaznej obejmującą miejscowości Smętowo, Skórcz, Starogard i w przeciwnym kierunku Smętowo, Opalenie, Kwidzyn. Dworzec kolejowy zbudowano w 1904 roku. W tym samym roku w Smętowie powstał neogotycki kościół ewangelicki wraz z plebanią. W trakcie działań wojennych świątynia wraz z zabudowaniami kościelnymi przetrwała bez większego uszczerbku, a miejscowość została wyzwolona 20 lutego 1945 roku. Po wojnie kościół i plebania przeszły w ręce katolików i rozpoczęła się odbudowa oraz dalszy rozwój Smętowa Granicznego.